5分lncRNA研究典型思路
這里要分享的是一篇非編碼基因在腫瘤中的研究，題為《LINC00184 plays an oncogenic role in non-small cell lung cancer via regulation of the miR-524-5p/HMGB2 axis》，2020年發(fā)表在JOURNAL OF CELLULAR AND MOLECULAR MEDICINE上，IF=5.3。
一、研究概述
首先，作者從TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)下載非小細(xì)胞肺癌（NSCLC）轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)，包含348例腫瘤樣本，46例正常樣本，生物信息學(xué)分析發(fā)現(xiàn)LINC00184在非小細(xì)胞肺癌中顯著高表達(dá)，臨床樣本驗(yàn)證了這一結(jié)果。生存分析顯示LINC00184高表達(dá)的患者生存期顯著縮短，預(yù)后差。臨床相關(guān)性分析顯示，LINC00184與腫瘤TNM分期顯著正相關(guān)。因此，LINC00184在非小細(xì)胞肺癌發(fā)生發(fā)展過(guò)程中可能扮演重要角色。
生信分析和數(shù)據(jù)庫(kù)再次發(fā)揮重要作用。通過(guò)多數(shù)據(jù)庫(kù)（PicTar、miRanda、TargetScan ）預(yù)測(cè)分析，篩選出若干調(diào)控LINC00184的miRNAs，再結(jié)合雙熒光素酶報(bào)告實(shí)驗(yàn)（Luciferase assay）、RNA pull down實(shí)驗(yàn)，最終確定LINC00184靶向結(jié)合的是miR- 524- 5p。臨床樣本中miR- 524- 5p的表達(dá)量也LINC00184的表達(dá)量呈顯著負(fù)相關(guān)。這些結(jié)果證明了LINC00184靶向結(jié)合miR- 524- 5p。我們都知道，lncRNA和miRNA都屬于非編碼RNA，不能直接發(fā)揮作用，需要調(diào)控編碼基因才行。因此，再次通過(guò)生信分析預(yù)測(cè)到miR- 524- 5p的靶基因?yàn)镠MGB2，Luciferase實(shí)驗(yàn)證實(shí)了該調(diào)控關(guān)系。初步形成了LINC00184/miR- 524- 5p/HMGB2的調(diào)控軸，再通過(guò)一些列實(shí)驗(yàn)，例如相關(guān)性分析、表達(dá)量分析、回復(fù)實(shí)驗(yàn)等進(jìn)一步證實(shí)LINC00184/miR- 524- 5p/HMGB2調(diào)控軸。
最后，作者研究了LINC00184的體內(nèi)功能實(shí)驗(yàn)，證明LINC00184在體內(nèi)也具有促癌作用，進(jìn)一步豐富完善了LINC00184的功能研究。但我個(gè)人感覺(jué)這樣的順序不對(duì)勁，體內(nèi)功能實(shí)驗(yàn)一般緊跟在體外實(shí)驗(yàn)之后，而這篇研究卻把體內(nèi)、體外功能研究隔離開(kāi)了，而且隔的很遠(yuǎn)。這中間穿插了LINC00184/miR- 524- 5p/HMGB2調(diào)控軸的機(jī)制闡述、臨床樣本的檢測(cè)，還有回復(fù)實(shí)驗(yàn)。可能體內(nèi)實(shí)驗(yàn)是投稿過(guò)程中補(bǔ)充的？也可能就是這么排序的？咱也不清楚，咱也不敢問(wèn)啊。
1. 典型的5分研究思路
目的基因篩選、臨床相關(guān)性研究、體內(nèi)體外功能研究、分子機(jī)制闡述，一整套流程一氣呵成。唯一的缺陷是只做了下調(diào)lncRNA的功能研究，上調(diào)lncRNA的功能研究也應(yīng)該有，這樣才更加嚴(yán)謹(jǐn)，更有說(shuō)服力。
2. 生信分析真的很重要
生信分析在這篇文章中反復(fù)提到，lncRNA的篩選用到了生信分析，lncRNA的分子機(jī)制研究也用到了生信分析。生信分析可以為我們的研究節(jié)省很多成本，無(wú)論是經(jīng)濟(jì)成本還是時(shí)間成本。文中提到分析了TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)中348例腫瘤樣本和46例正常樣本的RNA-seq數(shù)據(jù)，如果這么多樣本都需要我們自己搜集、測(cè)序，可想而知這需要很大一筆錢(qián)，而且需要很長(zhǎng)時(shí)間去搜集，耗費(fèi)大量人力物力。而利用生物信息學(xué)，結(jié)合公共數(shù)據(jù)庫(kù)資源，就可以輕而易舉地獲得想要的結(jié)果，何樂(lè)而不為呢？
關(guān)鍵技術(shù)：生信分析、RNA干擾、luciferase、RNA pull down等
參考文獻(xiàn)：Wang W, Li L, Zhao L. LINC00184 plays an oncogenic role in non-small cell lung cancer via regulation of the miR-524-5p/HMGB2 axis. J Cell Mol Med. 2021 Nov;25(21):9927-9938. doi: 10.1111/jcmm.16247. Epub 2021 Oct 15. PMID: 34651416; PMCID: PMC8572802.
上一篇：環(huán)狀RNA研究案例分享（IF>10）
下一篇：沒(méi)有了
下一篇：沒(méi)有了
